ไฟเบอร์ ประมาณ 70% ของไฟเบอร์ทั้งหมดในแอปเปิ้ลไม่ละลายน้ำ ส่วนใหญ่เป็นเซลลูโลสและเฮมิเซลลูโลส ส่วนที่เหลืออีก 30% เป็นไฟเบอร์ที่ละลายน้ำได้ ประโยชน์ของแอปเปิล ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเพคติน เพคตินเป็นโพลีแซคคาไรด์เชิงซ้อนที่พบในผนังเซลล์ของพืช เพคตินไม่สามารถถูกเผาผลาญในระบบทางเดินอาหารส่วนบนได้ ดังนั้นจึงให้รูปแบบหนึ่งของการเสริมโปรไบโอติกแก่จุลินทรีย์ในลำไส้ ประโยชน์ของเพคตินรวมถึงการลดโคเลสเตอรอล ลดการดูดซึมกลูโคส และการเพิ่มความเข้มข้นของกรดไขมันสายสั้น (SCFAs) ในทางเดินอาหาร นอกจากนี้ สารประกอบฟีนอลยังสามารถจับกับทั้งเซลลูโลสและเพคติน เกิดเป็นพันธะโควาเลนต์อีเทอร์ คาร์บอน-คาร์บอน และพันธะเอสเทอร์ พันธะโควาเลนต์เหล่านี้ทำให้เกิดฟีนอลที่ไม่ละลายน้ำ