ลักษณะทางชีววิทยาของพะยูนทำให้พวกมันเสี่ยงต่อการถูกคุกคาม สูง พะยูนจัดอยู่ในประเภท “เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์” สัตว์น้ำพะยูน ในบัญชีแดงของสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) บัญชีแดงชนิดพันธุ์ที่ถูกคุกคามซึ่งบ่งชี้ว่ามีความเสี่ยงสูงที่จะสูญพันธุ์ในป่าในอนาคตระยะกลาง CMS แสดงรายการพะยูนในภาคผนวก II ซึ่งหมายความว่ากิจกรรมความร่วมมือระหว่างประเทศข้ามเขตอำนาจศาลภายในพื้นที่อพยพของพะยูนมีความสำคัญต่อการอยู่รอดในระยะยาวของพะยูน